今作のストーリーは「Lゴジエヴァ」と「eゴジエヴァ2」の”間”のお話。

前作で使徒とキングギドラを退けた後、X星人の策略により怪獣達が侵攻を開始。
NERV(ネルフ)は侵攻を阻止すべく総力を挙げ対抗するが、そこに追い打ちをかけるように、誰も見たことがない新しい「強敵」が登場!?

その名は…『魏怒羅(ギドラ)零号機』
パイロットはなんと…『X星人レイ』!?